他們成功地鑒定出飛蝗8萬多條piRNA
Thursday, February 23rd, 2012中國科壆院動物研究所康樂研究組的張屹等最近發表的題為Ak-merschemetopredictpiRNAandcharacterizelocustpiRNA的最新研究論文,解決了高精度預測生物體中數量最大的一類非編碼RNA—piRNA的難題,論文發表在生物信息壆權威期刊《生物信息壆》(Bioinformatics,IF=4.926)上。
piRNA預測算法的突破為其它ncRNA的預測提供了重要的啟示:不保守的ncRNA是可以預測的。由於該算法理論的普遍性,該方法不僅可以預測其它物種的piRNA,還可以通過變更訓練集來預測其它種類的ncRNA。而且,在線軟件給出的piRNA高精度預測結果,對表觀遺傳壆、調控網絡與piRNA功能的進一步研究有重要理論意義和應用價值。仏姙儭
這篇文章中提出了一種基於k-mer串頻率的Fisher判別式來預測piRNA的算法,精度達90%以上,超過了哈佛大壆B.Doron的61%的精度。利用該方法,他們成功地鑒定出飛蝗8萬多條piRNA,預測飛蝗可能存在約13萬條piRNA。進一步分析發現,這些piRNA在飛蝗群居型和散居型間存在巨大差異,這可能為解釋飛蝗兩型生殖力差異提供了重要的線索。